Flagę miasta zatwierdzono w 18 września 1996 roku. Jej kolorystyka jest trójbarwna. Całość ukształtowana jest w poziome pasy, wśród których przeważa kolor niebieski – to około 2/3 całego pola, natomiast kolory żółty i czarny tworzą tylko cienkie paski – równo po 1/6 pola.

Barwy flagi związane są z topografią miasta i nawiązują do herbu, na którym widnieje czarne skrzydło orła oraz złoty pastorał. Niebieskie pole flagi symbolizuje jeziora, jakie otaczają Wąbrzeźno. Flaga wywieszana jest w miejscach publicznych podczas ważnych uroczystości miejskich i państwowych.

Herb nadany został przez biskupa chełmińskiego, Jana Dantyszka na zamku wąbrzeskim, w dniu 10 stycznia 1534 roku. Jego opis znajdujemy w przywileju dla miasta: („jako godło (…) skrzydło orła jednobarwne, czarne a w poprzek tegoż skrzydła pastorał, czyli laskę biskupią (…) nadajemy”). W XIX wieku pojawia się inna hipoteza co do herbu miasta. Niemiecki historyk, dr Huttenheim wysuwa myśl, jakoby herb pochodził jeszcze z czasów krzyżackich. Z tym, że zamiast skrzydła miał tam być fioletowy grzebień koguci (symbol stróżów), a tło białe. W czasie II wojny światowej zamiast pastorału w herbie umieszczono lilię andegaweńską. W 1990 roku Ziemowit Maślanka odtworzył wizerunek herbu miasta, tenże jest używany do dziś, a Ziemowit Maślanka otrzymał tytuł Honorowego Obywatela Miasta.