Flagę miasta zatwierdzono w 18 września 1996 roku. Jej kolorystyka jest trójbarwna. Całość ukształtowana jest w poziome pasy, wśród których przeważa kolor niebieski – to około 2/3 całego pola, natomiast kolory żółty i czarny tworzą tylko cienkie paski – równo po 1/6 pola.

Barwy flagi związane są z topografią miasta i nawiązują do herbu, na którym widnieje czarne skrzydło orła oraz złoty pastorał. Niebieskie pole flagi symbolizuje jeziora, jakie otaczają Wąbrzeźno. Flaga wywieszana jest w miejscach publicznych podczas ważnych uroczystości miejskich i państwowych.