Wystawienie dokumentu lokacyjnego, w którym władca miasta określał podstawowe zasady prawne i gospodarcze, rozpoczynało proces tworzenia się samorządu miejskiego.
Wąbrzeźno otrzymało od biskupów chełmińskich prawo magdeburskie w jego lokalnej, nieco zmodyfikowanej odmianie zwanej prawem chełmińskim. Gwarantowało ono mieszczanom wolność osobistą, dziedziczne i wieczyste posiadanie nieruchomości, własne sądownictwo oraz regulowało wszystkie sprawy związane z prawem cywilnym i karnym. Prawo miejskie zasadniczo nie określało relacji między gminą miejską a władcą miasta. Pewne ustalenia w tej sprawie zawierał przywilej lokacyjny, natomiast zakres niezależności samorządu miejskiego i jego uprawnienia kształtowały się stopniowo. Małe miasta biskupie, w porównaniu do małych miast podlegających władzy zakonu krzyżackiego, posiadały z reguły mniejszą autonomię ustrojową; biskup wywierał w nich duży wpływ na funkcjonowanie władz i organizację wewnętrzną gminy.
Pierwsza informacja o władzach miejskich Wąbrzeźna pochodzi z 1499 r., stąd też o ich wcześniejszych dziejach możemy wnioskować na podstawie analogii z innymi miastami. Z dużym prawdopodobieństwem możemy przyjąć, iż w początkowym okresie dziejów Wąbrzeźna pełnia władzy administracyjnej i sądowej znajdowała się w rękach dziedzicznego sołtysa, który to urząd otrzymywał zwykle lokator miasta. Z czasem sołectwo było wykupywane przez gminę lub władcę miasta, w wyniku czego sołtys (zwany też wójtem) stawał się urzędnikiem wybieralnym. W kolejnym etapie gospodarczego i społecznego rozwoju miasta mieszczanie utworzyli organ administracyjny zwany radą miejską, składający się z kilku rajców oraz przewodniczącego im burmistrza. Radom dużych miast udawało się z czasem przejąć urząd sołtysa i podporządkować sobie całość spraw sądowych, ustawodawczych i administracyjnych. W małych miastach kompetencje rad ograniczały się tylko do bieżącej administracji i pilnowania porządku. W latach siedemdziesiątych XIV w. biskup chełmiński Wicbold kazał uwięzić rajców Chełmży, którzy protestowali przeciw prawu biskupa do wyboru sędziego. Z pewnością także w Wąbrzeźnie, mieście położonym obok zamku, w którym najczęściej rezydował biskup Wicbold, rada nie zdołała sobie podporządkować sędziego. Każdego roku odbywała się kiera, czyli wybór rajców. Faktycznie jednak procedura wyboru ograniczała się do kooptacji nowych osób na miejsca zwolnione przez zmarłych rajców lub rezygnujących z urzędu oraz do wyboru z grona rady ogólnej tzw. rady urzędującej, która przez rok miała sprawować rządy. Pozostali rajcy tworzyli kolegium oczekujące na wybór, czyli tzw. radę starszych. Zwykle rajca po dwóch latach zasiadania w radzie urzędującej przechodził na rok do rady starszych.
Informacja z 1499 roku o „byłym” burmistrzu pojawiającym się obok burmistrza urzędującego wskazuje, iż taki system organizacji władz miejskich funkcjonował również w Wąbrzeźnie. Sąd miejski składał się z sędziego oraz kilku ławników, w zapisce z 1499 r. wymienionych zostało czterech. Wprawdzie przywilej Jana Dantyszka z 1534 r. nie zawiera żadnych postanowień w sprawie wyboru rajców i burmistrzów, można jednak przypuszczać, iż podobnie jak w Chełmży, również w Wąbrzeźnie biskup zachował decydujący wpływ na wybór burmistrzów, rajców i sędziego. Uprawnienia sądu miejskiego ograniczały się do tzw. sądownictwa niższego, czyli rozpatrywania drobnych wykroczeń zagrożonych karą do czterech solidów. Wyroki w zakresie sądownictwa wyższego, obejmującego sprawy o zranienie i zabójstwo, wymagały decyzji biskupa. Sąd ławniczy prowadził własną księgę, do której wpisywano nie tylko wyroki sądowe dotyczące mieszczan, ale także uwierzytelniano w niej transakcje kupna-sprzedaży zawarte przez okoliczną szlachtę. Na przykład w 1499 r. w wąbrzeskiej księdze ławniczej w obecności burmistrza, rajcy oraz sędziego i ławników zarejestrowano kupno przez biskupa chełmińskiego 7 łanów ziemi we wsi Prusy od Wawrzyńca Pyarkowskiego i jego brata ciotecznego Jana Dąbrówki.
Niewiele wiemy o losach wąbrzeskiego ratusza, w którym swoją siedzibę miały rada miejska i sąd ławniczy. Wzmiankowane posiedzenie władz miejskich w 1499 r. odbyło się w domu byłego burmistrza Stefana, natomiast informacja o ratuszu pojawia się w przywileju z 1534 r. Na podstawie tych skromnych informacji można przypuszczać, iż ratusz, zniszczony w 1464 r., odbudowany został dopiero po 1499 roku.
Przywilej wystawiony dla: W Wąbrzeźna przez biskupa Jana Dantyszka 10 stycznia 1534 r. jest jednym z najważniejszych źródeł do dziejów miasta w średniowieczu i w czasach nowożytnych. Oto jego treść w tłumaczeniu na język polski:
W imię Pana amen. Ponieważ ludzką ułomnością jest zmienność i przemijająca pamięć, tak więc to, co długo trwać powinno, powierza się przez pismo i świadków dostatecznemu zapisowi pamięci, gdyż w nadchodzących czasach zapomnieniu i zatarciu mogłoby ulec: na wieczną pamięć więc, my Jan de Curiis Dantiscus, z Bożej łaski biskup chełmiński i administrator biskupstwa pomezańskiego, wszystkim i każdemu z osobna, tak obecnym jak przyszłym oznajmiamy, że mając łaskawy wzgląd na dobra nasze biskupie zwane Fredeck lub Wambrzezno, pragnąc je doprowadzić do najkorzystniejszego rozkwitu, jak tylko możemy, zaś mieszkańcom owych [dóbr] wszystkich wolności dotąd pozbawionych i prawie jak chłopi traktowanych szczególną naszą łaskę i szczodrość okazujemy. Postanowiliśmy i zezwoliliśmy na mocy przywileju przez nas uzyskanego od najjaśniejszego władcy i pana, pana Zygmunta z Bożej łaski króla polskiego, wielkiego księcia litewskiego, ruskiego, pruskiego, mazowieckiego, pana naszego i dziedzica najłaskawszego, jak też mocą naszej władzy, aby [owi mieszkańcy] byli mieszczanami i powinni korzystać ze wszystkich praw i wolności mieszczańskich. Nadajemy [im] także jarmarki i wszystkie inne wolności według zwyczaju innych miast i miasteczek, jak jest zawarte w piśmie i przywileju Jego Świętego Królewskiego Majestatu, który u nas się znajduje. Dodaliśmy im również do czterdziestu łanów, przy pierwszej lokacji wymierzonych i darowanych, dwadzieścia innych w opuszczonej wsi zwanej Podwiesk, aby w całości mieli sześćdziesiąt łanów miary chełmińskiej i posiadali je prawem dziedzicznym, oni i ich spadkobiercy. Tak jednak aby nam i naszym następcom oni i ich spadkobiercy zobowiązani byli płacić corocznie w dniu św. Marcina [11 listopada] od każdego łana półtorej grzywny monety pruskiej, licząc za grzywnę dwadzieścia groszy, jeden korzec owsa [ok. 120 kg] oraz dwoje kurcząt, [ponadto] świadczą z tychże łanów zwyczajowe prace, jak to jest przyjęte w innych naszych dobrach. Ponadto nadaje się im 56 mórg pola, które wcześnie do naszego zamku Frideck należały, z których zobowiązani są corocznie nam i naszym następcom dawać 10 szelągów [60 szelągów = 1 grzywna] zwyczajnej monety. Na znak uznania naszej władzy zwierzchniej wszyscy i każdy z osobna, którzy warzą piwo lub chcieliby je warzyć w przyszłości, od każdego domu, w którym mieszkają w dzień św. Marcina płacą pięć groszy, pozostali zaś mieszkańcy owego miasteczka od każdego domu lub każdej parceli dwa grosze nam i naszym następcom biskupom corocznie, wieczyście płacić będą zobowiązani. Aby zaś łatwiej ratusz miasteczka i inne budynki wzniesione do użytku publicznego mogły być utrzymywane, błoto zaś i tego rodzaju nieczystości odprowadzane i wszystko w czystości utrzymane, daliśmy dla użytku wspólnego ich rzeczypospolitej [gminy] z całym dochodem przede wszystkim budy postawione wokół ratusza, browar ze słodownią, łaźnię i ponadto pięć parcel potrzebnych na wybudowanie domów, i dochód z tego w całości powinien przypadać dla pożytku wspólnego. Natomiast z ław rzeźnickich, lub jak się mówi z jatek, corocznie każdy rzeźnik pół kamienia łoju na dzień św. Marcina płacić jest zobowiązany, a od piekarzy i innych rzemiosł czynsz zostanie uregulowany w swoim czasie według zwyczaju innych miast, co sobie i naszym następcom do decyzji zastrzegamy, połowę tego dochodu dla nas i naszych następców rezerwujemy, drugą [połowę] zaś przeznaczamy do użytku wspólnego. Ponadto jako godło lub jak inni nazywają pieczęć mocą naszej władzy i Majestatem Świętego Cesarstwa nam udzielonym, skrzydło orła jednobarwne, czarne a w poprzek tegoż skrzydła pastorał, czyli laskę biskupią, w sposób jaki na dole tego pisma, czyli przywileju odmalowany został, mocą obecnego [dokumentu] nadajemy, dając i zezwalając rzeczonym poddanym naszym w tych i we wszystkich innych wolnościach cieszyć się prawem chełmińskim i wieczyście z niego korzystać. Datowane w zamku naszym Fredeck dziesiątego dnia miesiąca stycznia roku Pańskiego 1534 (dalej następuje lista świadków).
Zwraca uwagę fakt, iż inicjatorem wystawienia tego przywileju nie byli mieszczanie wąbrzescy lecz biskup chełmiński, który dążył do uporządkowania gospodarki we własnych dobrach oraz określenia świadczeń ludności zamieszkującej terytorium biskupie. Jan Dantyszek za zgodą króla nadał Wąbrzeźnu prawo miejskie. Należy podkreślić, iż chodzi tu jedynie o formalne usankcjonowanie stanu faktycznego, gdyż zapiska z księgi ławniczej potwierdza istnienie w 1499 r. organów władzy samorządowej. Zawarte w dokumencie sformułowanie o traktowaniu mieszczan wąbrzeskich jak chłopów odnosi się raczej do ich sytuacji gospodarczej, a nie prawnej. O dużej roli zajęć rolniczych oraz słabo rozwiniętym rzemiośle świadczy także fakt, iż z nazwy wymieniono w dokumencie tylko rzeźników i piekarzy. Trudna jest ocena korzyści, jakie mieszczanie uzyskali od biskupa, gdyż nie znamy zobowiązań ciążących na nich przed 1534 r. Wydaje się jednak, iż biskupowi bardziej zależało na zwiększeniu własnych dochodów niż poprawie położenia ekonomicznego mieszczan. Nadanie 20 łanów w opuszczonej i zniszczonej wsi Podwiesk, położonej na terenie dawnego patrymonium miasta Chełmna i oddalonej od Wąbrzeźna o 30 km było jedynie pozornym dobrodziejstwem. Miasto nie posiadało odpowiedniego potencjału ekonomicznego i demograficznego, aby zagospodarować nowe tereny, a w dokumencie nie przewidziano nawet wolnizny, czyli okresu zwolnienia od obowiązku płacenia. Z pewnością większe znaczenie miało nadanie 56 mórg dawnego pola zamkowego, położonego w pobliżu miasta. Do ożywienia gospodarki miejskiej miały się też przyczynić jarmarki, prawo do odbywania których otrzymało Wąbrzeźno za zgodą królewską. W przywileju zwraca uwagę bardzo wysoki w porównaniu np. z miastami zakonu krzyżackiego wymiar czynszów. Opłaty nałożone na mieszczan wąbrzeskich były jednak porównywalne ze świadczeniami innych miast biskupich. Przykładowo mieszkańcy Chełmży zgodnie z przywilejem z 1547 r. płacili biskupowi aż 2 grzywny od każdego łana, natomiast od parcel miejskich świadczyli jedynie symboliczny czynsz rekognicyjny w wysokości 6 denarów. Biskup zrezygnował też z części należącego do niego regale targowego oddając gminie wąbrzeskiej dochody z bud handlowych wokół ratusza, jednak zatrzymał dla siebie połowę czynszów z przynoszących największy dochód ław chlebowych i jatek rzeźnickich. Większości małych miast udało się w XV w. przejąć całość czynszów z regale targowego. Przywilej kończy się nadaniem herbu, którego wszystkie elementy wskazują na pana miasta. Orle pióro koloru czarnego przejęte zostało z rodzinnego herbu Jana Dantyszka, a pastorał stanowił symbol władzy biskupiej nad diecezją.
Roman Czaja, Organizacja władz miejskich
Historia Wąbrzeźna, tom I, pod redakcją Krzysztofa Mikulskiego przy współudziale Aleksandra Czarneckiego. Wąbrzeźno 2005