Niewielka liczba mieszkańców Wąbrzeźna gromadziła się do pierwszej połowy XIX wieku w jednej świątyni, którą zbudowano przy jeziorze, na wzgórzu, w pół­nocno-zachodniej części dzisiejszego miasta. Był to prosty w formie, jednonawowy kościół pw. św. Szymona i Judy, górujący nad słomianymi strzechami otaczających go chałup mieszczańskich.

Niewielka liczba mieszkańców Wąbrzeźna gromadziła się do pierwszej połowy XIX wieku w jednej świątyni, którą zbudowano przy jeziorze, na wzgórzu, w pół­nocno-zachodniej części dzisiejszego miasta. Był to prosty w formie, jednonawowy kościół pw. św. Szymona i Judy, górujący nad słomianymi strzechami otaczających go chałup mieszczańskich. Możemy jedynie domniemywać, że murowana z kamie­nia i cegły na zaprawie wapiennej budowla stanęła w miejscu wcześniejszej, wznie­sionej najprawdopodobniej z drewna na polecenie biskupa Heidenryka. Spłonęła ona, jak się przypuszcza, podczas najazdu pruskiego z lat 1260-1274, gdy zniszczo­no pierwszy gród wąbrzeski (przy nim mógł znajdować się też pierwszy kościół parafialny; lokacja kościoła klasztornego przez Heidenryka niekoniecznie musiała oznaczać równoczesne powstanie parafii).

W latach 1323-1349 biskup Otton wzniósł na parceli przyrynkowej jedno­nawowy, kamienno-ceglany, kryty dwuspadowym dachem kościół, z trójbocznie zamkniętym prezbiterium i dobudowaną od południa zakrystią. Plac należący do świątyni otaczał kamienny mur, który jednocześnie wyznaczał teren pierwszego cmentarza. Nietypowe na pierwszy rzut oka odsunięcie fary od obecnego rynku zostało spowodowane tym, iż pierwotne centrum miasta leżało w bezpośrednim sąsiedztwie kościoła, a położenie obecnego jest wynikiem translokacji Wąbrzeźna na nowe miejsce kilkaset lat później. Sam kościół, jak wiele gotyckich świątyń na ziemi chełmińskiej, nie dotrwał do naszych czasów w nie zmienionej formie. Re­likty tej świątyni stanowią istniejące do dziś ściany prezbiterium, pozbawione całkowicie detalu architektonicznego. Pierwotny, średniowieczny kształt kościo­ła zachował się do pożaru, który wybuchł w 1700 roku niszcząc miasto i niemal całą świątynię, łącznie z wieloma elementami jej wyposażenia. Odbudowę fary przeprowadzono staraniem biskupa Teodora Potockiego jeszcze w tym samym roku, przy wykorzystaniu budulca czerpanego z Góry Zamkowej. Z okazji odbu­dowy na wieży zawieszono dzwon odlany przez Michaela Wittwercka, zdobiony herbem Pilawa, a na ołtarzu ustawiono nową wieczną lampę.

Przy kościele istniał niewielki, ale dobrze uposażony szpital-przytułek, gdzie mieszkali ubodzy (bezdomni) i chorzy parafianie. Pomocy potrzebującym udzielało związane ze szpitalem i dobrze uposażone Bractwo Najświętszej Marii Parmy, ufundowane w 1667 roku przez rajcę miejskiego Macieja Perzewicza, ze statutem zatwierdzonym w 1680 roku przez papieża Innocentego XI i z ustanowionym odpustem. Nieco wcześniej, bo w 1599 roku, sześć lat po założeniu przez bisku­pa Piotra Kostkę bractwa literackiego, Magdalena z Działyńskich Galczewska ufundowała, znacznym nakładem środków, altarzystę przy ołtarzu Najświętszej Marii Panny, przeznaczając nań sumę 400 złotych (samo bractwo utrzymywało też organistę).

Największych zmian, które doprowadziły w konsekwencji do pełnego przekształ­cenia układu przestrzennego, dokonano w bryle kościoła dopiero na początku XX wieku. Mianowicie w 1902 roku obiekt całkowicie przebudowano. Rok później, 5 lipca, konsekracji nowego kościoła dokonał biskup chełmiński Augu­styn Rosentreter. W wyniku podjętych wtedy inwestycji powstał trójnawowy, trójprzęsłowy korpus, poprzedzony podwyższoną, czteroboczną trójkondygnacyjną wieżą zwieńczoną namiotowym dachem i trójbocznie zakończonymi ramionami transeptu. Dach nawy głównej nakryty został dachem dwuspadowym, a nawy boczne trzema osobnymi, trójspadowymi dachami.

W 1928 roku z inicjatywy Towarzystwa Gimnastycznego „Sokół” w zewnętrzną ścianę prezbiterium wmurowano płytę z wyrytymi nazwiskami mieszkańców Wąbrzeźna poległych w bitwach pierwszej wojny światowej i w wojnie polsko­-bolszewickiej 1920 roku.

Podczas drugiej wojny światowej Niemcy zrabowali z kościoła niemal wszyst­kie starsze księgi parafialne oraz trzy dzwony: dwa duże i jeden mniejszy, tzw. svgnarek (w 1942 r.), lichtarze cynowe (w 1944 r.), zniszczyli trzy chorągwie procesyjne. Działania wojenne szczęśliwie nie uszkodziły ani budynku kościoła, ani plebanii, domów organisty i wikarych. Po wyzwoleniu przystąpiono do nie­zbędnych remontów, a w 1948 roku pobudowano przy kościele pomnik ku czci poległych parafian.

Na przestrzeni dziejów wyposażenie kościoła ulegało ciągłym zmianom powo­dowanym nie tylko przez pożary trapiące świątynię i miasto, ale również przez niszczący wpływ czasu. Pierwszy kościół z pewnością wyposażony był w niewiel­kich rozmiarów malowany lub rzeźbiony ołtarz ustawiony przy ścianie wschodniej, a mszę odprawiano wykorzystując złote naczynia fundacji mieszczańskiej lub bi­skupiej, które przechowywano w specjalnej szafie lub w niszy ściennej zamkniętej kratą. Bielone ściany mogły zdobić freski (np. postacie lub wici roślinne), być może w nawie stał tron dla będącego patronem kościoła biskupa, który uczestni­czył w różnych uroczystościach kościelnych, oraz siedziska dla celebransów. Miesz­kańcy Wąbrzeźna słuchali nabożeństw stojąc lub siedząc, jak to bywało często w średniowieczu, na przyniesionych przez siebie małych krzesełkach. Niewiele wiemy też o renesansowych dziejach świątyni. Być może z tego okresu pochodzą wspomniane w 1647 roku trzy ołtarze, z tabernakulum na ołtarzu głównym i szafą z naczyniami na oleje święte stojącą obok niego. Wiadomo, że w świątyni znaj­dował się niewielki instrument organowy fundacji biskupa Kostki (zdobiony her­bem Dąbrowa) oraz drewniana chrzcielnica. Obok kościoła stał drewniany dom parafialny. W wizytacji biskupiej wspominana jest też kostnica, szkoła et rector in illa, na potrzeby której w 1627 roku proboszcz przekazał 300 florenów, oraz wznie­siony z drewna szpital.

Więcej wiadomości przynosi nam wizytacja przeprowadzona w latach 1667- 1672 przez wielce zasłużonego dla diecezji chełmińskiej kanonika Strzesza, dzia­łającego na polecenie biskupa Andrzeja Olszowskiego. Jego pisemne sprawozda­nie z wizyty w Wąbrzeźnie opisuje skromny ołtarz główny pod wezwaniem św. Trój­cy, chrzcielnicę i ambonę. Zapiski wymieniają też stojące w kościele boczne ołta­rze pw. Wniebowzięcia NMP oraz pw. Marii Magdaleny.

Obecne wyposażenie świątyni pochodzi głównie z okresu późnego baroku. Cezurą jest tu z pewnością pożar kościoła z 1700 roku, który pochłonął część wyposażenia, m.in. trudne do wyniesienia ołtarze. W ołtarzu głównym, z malowi­dłami przedstawiającymi dmące w trąby anioły i grupę Adoracji Trójcy św., umiesz­czono siedemnastowieczny feretron z cudownym obrazem Matki Boskiej Niepo­kalanie Poczętej, tzw. Wąbrzeskiej, który w 1685 roku w uroczystej pro­cesji sprowadził z Kowalewa biskup Opaliński. Sukienka Matki Boskiej, w po­staci metalowej aplikacji, powstała w drugiej połowie XVII w. w toruńskim warsz­tacie Stefana Petersena. Nałożono ją wtórnie (tzn. nie powstała równocześnie z obrazem) na uważany powszechnie za cudowny szesnastowieczny, gotycki jesz­cze obraz Panny Marii, namalowany na odwrociu starszego obrazu przedstawiają­cego Jezusa Chrystusa.

Na lewym ołtarzu bocznym ustawiono gotycką rzeźbę Matki Boskiej (z około 1500 r.) przeniesioną z dawnej kaplicy zamkowej, przyozdobioną nowszą sukienką metalową (wzorowaną na wcześniejszej, w otoczeniu licznych osiemnastowiecznych wotów. W prawym ołtarzu bocznym ze współczesnym krucyfiksem w zwieńczeniu znalazło się popiersie Boga Ojca. Na wspomnienie zasługują rów­nież trzy krucyfiksy oraz barokowe obrazy z wyobrażeniem św. Franciszka Ksawe­rego nawracającego pogan (z XVIII wieku) oraz św. Piotra i św. Pawła (w trady­cjach barokowych, datowany na przełom XVIII i XIX w.), rzeźby: Ecce Homo i Chrystus przy kolumnie, barokowa chrzcielnica i gotycka kropielnica oraz fere­trony, świadczące o rozwoju duchowości ludowej w drugiej połowie XIX wieku.

Do najczęściej wspominanych w literaturze przedmiotów należących do rzemio­sła artystycznego zalicza się srebrną, późnorenesansową monstrancję wieżyczkową i takiż kielich z pierwszej ćwierci XVII w. wykonany przez Mistrza MS i zdobiony trybowanym ornamentem, z gruszkowym nodusem i trzema główkami anielskimi oraz czterema medalionami z wizerunkami czterech ewangelistów. Na jego stopie umieszczono m.in. wizerunki Marii z Dzieciątkiem oraz św. Jana Chrzciciela. Mon­strancję zdobią, prócz figury Chrystusa, postacie Marii i św. Józefa. Do odprawiania mszy świętych i uroczystych nabożeństw wykorzystywano jednocześnie drugi kielich, fundacji Bernarda Sasina z 1680 roku, i łódkę na kadzidło.

Pochodzenie zachowanych zabytków złotnictwa z różnych okresów świadczy, iż były one chronione w przypadku pożaru i jako łatwe do wyniesienia przetrwały nawiedzające kościół kataklizmy, które pochłonęły wiele elementów jego dawne­go wyposażenia. Część z nich padła z pewnością ofiarą złodziei. Wizytacja Strzesza wymienia także nie zachowane już dziś złocone kielichy, pateny, duży złocony krzyż, świeczniki, naczynia na oleje święte, złocony kubek (lub puchar), srebrny półmisek oraz kilkanaście sztuk bielizny liturgicznej i ornatów. Bogato prezento­wał się zbiór ksiąg z biblioteki parafialnej, w której skład wchodziły m.in. Biblia, kazania św. Bernarda, kazania Ambrożego Spiery, dzieła słynnego jezuity Anto­niego Possevino, Bernarda de Bustis, Jakuba de Grassis oraz Rozwiązańie piedzie­śiat y dwu quaestyi Adriana Lunge.

Historia Wąbrzeźna tom 1, pod redakcją Krzysztofa Mikulskiego, Architektura Sakralna, Piotr Birecki, Wąbrzeźno, 2005 r.